Действие первое
Фауст, проведя всю жизнь в научной лаборатории, разочарован и в жизни, и в науке. Он решает отравиться, проклиная Бога и взывая к Дьяволу. В то же мгновение появляется Мефистофель и предлагает Фаусту богатство, власть или славу. Фауст, однако, жаждет вернуть невинность молодости. Мефистофель соглашается исполнить желание Фауста при одном условии: на земле Фауст будет господином, но в ином мире они поменяются ролями. Фауст сомневается, но Мефистофель вызывает видение Маргариты. Фауст подписывает контракт и превращается в юношу.
Действие второе
Валентин, Вагнер и остальные солдаты отправляются на войну. Валентин озабочен тем, что оставляет свою сестру Маргариту одну, без защиты. Вагнер затягивает веселую песню, но Мефистофель прерывает его. Мефистофель предсказывает судьбу: Вагнера должны убить в первом же бою; цветы, сорванные Зибелем, увянут, а Валентин примет смерть от руки того, кто близко знаком с Мефистофелем. Недовольный поданным вином, Мефистофель вызывает в воображении вкус гораздо более изысканного напитка и предлагает тост за Маргариту. Имя сестры приводит в ярость Валентина, оба обнажают шпаги. Валентин нападает, но его шпага ломается. Все убеждены, что среди них сам Дьявол. Мефистофель увлекает Фауста к танцующим парам. Фауст видит Маргариту и приглашает ее, она отказывается, но так мило, что Фауст уходит гораздо более очарованный ею, чем раньше.
Действие третье
Зибель собирает цветы для Маргариты рядом с ее домом. Как Мефистофель предсказал, они вянут, но святая вода возвращает им свежесть. Появляются Мефистофель и Фауст, Мефистофель оставляет Маргарите шкатулку с драгоценностями. Атмосфера невинности, окружающая жилище Маргариты, трогает Фауста. Маргарита находит драгоценности и примеряет их. Глядя в зеркало, она видит другую женщину и, смущаясь, выслушивает ободряющие слова соседки Марты. Фауст и Мефистофель возвращаются, Мефистофель флиртует с Мартой, предоставляя Фаусту возможность соблазнить Маргариту, которая готова уступить. Мефистофель вызывает образ сада и заставляет Марту уйти, прежде чем исчезнуть самому. Маргарита признается самой себе в любви к Фаусту, и они проводят ночь вместе.
Действие четвертое
Соблазненная и покинутая, Маргарита ждет ребенка от Фауста. Она все еще любит его, молится за него и их нерожденного ребенка.
Возвращаются солдаты, среди них Валентин. Зибель пытается не дать ему встретить Маргариту, но Валентин, подозревая самое худшее, отталкивает его.
У дома Маргариты Мефистофель поет серенаду по просьбе Фауста. Валентин и Фауст вступают в поединок, благодаря вмешательству Мефистофеля Валентин смертельно ранен. Маргарита видит, как умирает ее брат, и слышит его проклятие, посланное ей с последним вздохом.
В отчаянии Маргарита направляется в церковь с мольбой о прощении. Она слышит голос Мефистофеля, нашептывающий ей о проклятии, и в ужасе падает без чувств.
Действие пятое
Вальпургиева ночь. Фауста и Мефистофеля окружают демоны. Фаусту чудится Маргарита: она заключена в тюрьму за убийство ребенка и потеряла рассудок.
С помощью Мефистофеля Фауст проникает в тюрьму, чтобы попытаться спасти Маргариту. Она как будто узнает возлюбленного и вспоминает их первую ночь. Сердце Фауста разрывается от жалости. При виде Дьявола Маргариту охватывает ужас и она умирает, взывая к небесам. Мефистофель проклинает ее, но хор ангельских голосов возвещает ее спасение.